来年３月11日の石垣市長選をめぐり、自民党石垣市支部（石垣亨支部長）内に不協和音が生じている。中山義隆市長が12月定例市議会に提出した教育委員の人事案件で、与党から３人が退席するという異例の事態に陥ったほか、支部常任総務会が現職を予定候補者として決定したことに一部から「総括もしていない」と異論が出るなど、足並みが乱れており、今後の選挙態勢の構築が課題に。さらに、自民党と公明党との間に対応の違いがある自衛隊配備計画問題、保守系市議２人が逮捕・起訴された職務強要事件の影響も懸念材料として横たわる。
教育委員人事で退席した議員のうち、箕底用一氏は自身のツイッターに「事前の調整なく上程！ 仲良しこよし達には説明があったらしいが、それを認めた仲良し組！ やっぱり彼ら達には情報収集する人がいないんだな（笑）、情報提供したが後の祭り。情報分析せずに市長選挙は危険だ。仲良し組は末期症状だ」と書き込んでいる。
現職の２期目の総括にも「現職保守系市長が落選したらどうなる。自衛隊配備計画は迷走する。仲良し組の防衛族は本当に現職を勝算しているのか。市民情勢の分析は大丈夫か。建産連業者の分析はしたのか。自民支部でそんな話すらしていない。ありきで動くのは危険だ。保守市政を守る事が大切なのだよ」と指摘、常任総務会で異議を唱えた。
内部の亀裂が表面化したのは、陸自配備を求める請願の採決で自民系の２人が反対、１人が退席した昨年６月市議会。この後、推進グループ８人が「ともに行動できない」として会派「自由民主石垣」を立ち上げ、支部役職に就くなど組織の主流を占めている。この混乱が現在まで尾を引いているとみられる。
自衛隊配備問題では、公明石垣の大石行英代表が「平和と融合の第３の道」を求めて中山市長の最終判断に待ったをかけているが、自民石垣市支部顧問の仲間均氏が12月市議会一般質問で「選挙前に（受け入れを）打ち出さないと保守系（支持者）は離れていく」「自衛隊配備を容認すると応援しないという党があると聞いているが、自民党はそうはいかない」と中山市長をけん制。保守内部には早期の受け入れ表明を求める声があることから、中山市長は難しい選択を迫られることに。
一方、公明関係者からは、市議会で野党側が追及した中山市長の株取引や東京と那覇市に所有するマンションをめぐる資産公開に対して「もやもやした感じが晴れない。説明しなければ、支持者の理解を得られないのではないか」と説明責任を求める声も。
保守系市議２人が逮捕・起訴された職務強要事件について市長周辺は「かなりの票が反中山に回るのではないか」と保守票の目減りを懸念。逮捕された今村重治市議は起訴事実を全面否認、年明けから始まる予定の公判で争う構えをみせており、審理の行方にも注目が集まっている。