石垣市が農業集落排水事業石垣東部地区で整備した「大浜・磯辺地区汚水処理場」でシステムに不具合が生じ、７月16日から同21日までの６日間にわたり生活排水や、し尿などの汚水が磯辺川に排水されていたことが分かった。市むらづくり課によると、原因については現在、機器メーカーに問い合わせている。すでにシステムは正常に戻っているが、同課ではこれまで週１回だった点検を毎日実施。慶田盛昭文課長は「このようなことが二度と無いよう、しっかり原因を究明したい」と述べた。
汚水の浄化は、同施設のコントロールパネルで制御されているが、７月16日に何らかの原因でシステムが停止。汚水を一定量ずつ処理槽に送水する流量調整槽が満杯となり、あふれ出た汚水が磯辺川に流れたという。
本来は流量調整槽で一定の水位に達した場合、管理業者の携帯電話に異変を知らせるアラームが入る仕組みになっているが、不具合でつながらなかった。
施設の点検は週１回となっており、管理業者が異変に気付いたのは７月21日だった。
八重山保健所は市に対し、再発防止の指導を行っている。
同施設は、これまで海域に流れ込んでいた生活雑排水を一元処理することで、地域の生活環境の改善、海域の水質保全を図ることを目的に整備され、２０１３年に供用開始された。