４月１日から実施される自動車税の課税割合変更に伴い、郡内では増税となる車両が多く、軽自動車税の税率変更でもミニバイクの税金が２倍になるなど自動車に関する市民の税負担が増大することが見込まれている。
自動車税は、環境保護の観点から排出ガス性能や燃費性能の優れた環境負荷の小さい自動車に対して軽減。
プラグインハイブリッド車や電気自動車など２０２０年度燃費基準達成車は新車登録時の翌年度の税率が現行の50％軽減から２０１５・16年度の75％軽減に拡大する。
一方、ガソリン車で新規登録から13年、ディーゼル車で同11年以上の車両を対象に、重価税率は現行の10〜15％引き上げ。自家用で１５００円（１０００㏄以下）〜５５００円（６０００㏄超）、営業用で４００円〜２１００円の増税となる。
県八重山事務所県税課によると、管内では14年度の登録台数１万４１４台のうち、増税となるのは４２７４台（41.０％）、減税となるのは４１７台（４.０％）。増税となる自動車の割合は県平均の26.８％より高い。
軽自動車は、石垣市税務課によると、新規登録時の税率は自家用３６００円、営業用１４００円。軽貨物車は自家用１０００円、営業用８００円の増税。登録から13年が経過した車両にはさらに高い税率を適用する。
沖縄総合事務局陸運事務所のまとめでは、14年３月末時点で郡内では軽自動車が１万５４４９台、軽貨物車が９８３０台。
県自動車整備振興会八重山支部では「減税を受けられるのは高額なハイブリッド車や電気自動車。市内では軽自動車が多いが、軽課措置があっても減税対象車の価格を考えると軽自動車が多い傾向は変わらないと思う」（上地稔支部長）とみている。