石垣市は、クリーンセンター（焼却施設）の改修工事に防衛省の民生安定助成事業を活用する。今年度行う実施設計の費用3960万円のうち2640万円を助成金で充てる。市が申請し、4月5日付で内示があった。交付決定後、入札を行う。（仮）石垣駐屯地の建設に伴って防衛省予算が活用されるのは初めてとなる。
市は2021年度一般会計当初予算の歳入で衛生費国庫補助金の項目に「民生安定施設の助成金」2640万円を確保している。市環境課によると、従来の環境省予算だと2分の1の補助率だが、防衛省予算は3分の2と高率になる。
市は来年度から3カ年かけて焼却炉の改修工事を行うことにしており、現段階で55億円を見込む。これにも引き続き防衛省予算を使う予定だ。
一方、同助成金が盛り込まれた当初予算案は3月定例市議会の総務財政委員会で審査されたが、野党から異論は出ていなかった。野党は、これとは別に石垣浄水場於茂登送水ポンプ基本設計業務委託費が防衛省全額負担で計上された2020年度水道事業会計補正予算案に反対した経緯がある。
防衛省予算について総務財政委員の宮良操氏は取材に「環境課から防衛省予算との具体的な説明はなかった」と話しており、野党側はこれに気づかずに予算案に賛成したことになる。当局側の説明のあり方への反発も予想される。
防衛省は、自衛隊の行為によって発生する障害そのものを防止・軽減するだけでなく防衛施設と周辺地域との調和を保つために生活環境そのものを全体的に向上・発展させていく施策も必要として、集会用施設やごみ処理施設の生活環境施設などに対する助成を行っている。これを通して地元の理解と協力を得ていく考えだ。