石垣島地方は５日午前10時から午後５時ごろにかけて、南からの暖かく湿った空気の影響で大気の状態が不安定となり、登野城で同日午後０時30分～３時30分までの３時間の雨量が７月としては１９７７年の観測開始以降最高の２１２㍉を記録するなど、市街地を中心に激しい雨が降った。人的被害はなかったが、各地で道路の冠水や床上・床下浸水、車両の水没被害が発生したほか、交通規制による渋滞も起きた。子どもたちの下校や退社時間にも重なり住民生活に影響を及ぼした。
石垣島地方気象台によると、同日午前10時ごろから断続的に雷を伴う豪雨が、石垣島市街地から白保盛山など島の東側にかけて降り、ピークとなった午後３時30分ごろに登野城で１時間に89㍉、盛山で午後３時36分までに79㍉の激しい雨を観測した。それ以外は川平が22㍉、伊原間21㍉、西表島大原３・５㍉だった。
５日午後９時20分までの24時間雨量は登野城で２５７㍉、盛山で２５３㍉を記録した。
気象台は５日午後１時57分に石垣市と竹富町に大雨警報を発令。洪水、土砂災害や浸水害に注意を呼び掛けた。
石垣市と竹富町は午後３時前、災害対策本部を設置。市などによると午後９時時点、大川などで床上浸水２件、床下浸水３件の被害があった。道路冠水は市内南大浜線を含む５カ所、小浜島の県道２１０号線で１箇所が報告された。
道路の通行止めは確認されただけで５カ所、消防や警察により水没した車両も安全な場所に移された。
市と町によると同日午後９時時点、人的被害は確認されていない。対策本部は石垣市が午後６時、竹富町が午後８時23分に解除した。
宮古島市では１時間雨量が観測史上最多の１１１㍉と50年に一度の大雨となった。
気象台は６日以降も、石垣島地方で雷を伴う雨や突風、土砂災害に警戒するよう呼び掛けている。