石垣市と竹富町はことし10月１日から医療機関での入院・通院時、未就学児（０～６歳）を対象に保険適用分医療費の窓口無料化（現物給付）を予定しており、県内の任意の病院・歯科・調剤薬局で無料化が可能となる。窓口での支払いを無くし医療機関を利用しやすくすることで、疾病の早期発見と治療の促進が期待されているが、県は小児救急医療の時間外診療が増え、医師らの負担増を懸念している。与那国町は本年度中に無料化制度の導入を目指している。
窓口無料化は県と市町村で、医療費にかかる自己負担分（２割）の半分ずつを折半する。こども医療費助成の受給資格が給付条件で、窓口を訪れた際にこども医療費助成金受給資格者証（ピンク色）と健康保険証の提示が必要となる。
資格者証を忘れた場合は窓口で支払い、負担額は後日、自動で償還される。市によると薬剤の容器代、入院時のベッドや食事代などは実費精算となる。
市は現在、通院時に未就学児への自動償還措置を取り、３歳から就学前までの子に１医療機関あたりひと月１０００円の一部負担を行っている。自動償還の入院対象児は未就学児から中学生まで。小学～中学生までの通院補助はしていない。
竹富、与那国両町は未就学児～中学生まで自動償還を取り入れている。
市は今後、市内の医療機関に無料化の適用に関する説明会を開催して協力を呼び掛けていく。八重山病院は対応する考えを示している。