防衛省が検討している南西諸島への陸上自衛隊警備部隊の配備計画で、石垣島と宮古島、奄美大島の３島19カ所が候補地に挙がっていることが、同省が赤嶺政賢衆院議員（共産）らに開示した南西地域資料収集整理業務報告書で分かり、共産党八重山郡委員会（石垣三雄委員長）は８日、資料の解析や現地調査の結果から石垣島では７カ所が候補地になっていることが推測されると発表した。これについて防衛省報道部は「開示されているもの以外は出せない」としているが、同省は本年度予算で配備検討のための現地調査費用として約２０００万円を確保しており、今後、報告書をもとに具体的な絞り込み作業に入っていくとみられる。
民間業者に委託した調査業務は、南西地域での部隊配置の検討を目的に２０１３年９月21日から14年３月14日にかけ、奄美諸島（奄美市、大島郡）、先島諸島（石垣市、宮古島市、竹富町、多良間村）を対象に実施。
自然公園地域など法令で規制されているエリアを除外し、１次選定で奄美群島２１７カ所、先島諸島１５６カ所を抽出。地形、周辺施設、環境条件などを加味し、２次選定で３島19カ所に絞り込んだ。
調査業務はマップ、個別表、地形図などが作成されているが、開示された報告書では、石垣島と宮古島に関してはエリアを特定できるような記述や図表が黒塗りされている。
共産党八重山郡委員会は、黒塗りされた前後の文章や空港・港湾などへの距離から場所を推測した。例えば「白保、宮良地域北側（新石垣空港南）」とした場所については、県の「自然環境の保全に関する指針八重山編（陸域）」に同様の記述があることや、北２㌔に空港、西南西７㌔に港があるとの位置関係から特定できる、とした。
同委は「与那国町に続き石垣市への自衛隊基地建設計画が具体化されつつあることが明らかになった。石垣市は防衛省から状況を確認し、市民に知らせるべき責任がある。場所が決まってからでは遅い」と指摘。
市は「石垣市への配備についての話はまだ一度も来ていない」（當真政光総務部長）としている