本格的な観光シーズンを前に、石垣港離島ターミナル周辺の駐輪や港湾施設周辺の駐車を問題視する声が上がっている。ターミナル内のテナント関係者によると、ターミナルの駐輪場は放置自転車や長期間の駐輪が多く、常に満車状態で、港湾利用者だけでなくテナント従業員の駐輪スペースも確保できない状況が常態化しており、石垣市港湾課（玉城広文課長）も対応に苦慮している。
離島ターミナルはミニバイクを数十台ずつ駐輪できる駐輪場が２カ所設けられているが、常に満車状態でターミナルを取り囲むように自転車やミニバイクが止められている。
岸壁付近への駐輪や視覚障がい者が歩行するための点字ブロックをふさぐ形でミニバイクを止める利用者もいる。これに市港湾課の佐藤隆課長補佐は「駐輪スペースが圧倒的に不足している。スペースの確保を考えなければならない」と話す。
ターミナル内でテナントを経営する瀬戸守さんは「駐輪スペースが狭いため、ターミナル内のテナントの従業員もミニバイクや自転車を止められないでいる。駐輪している自転車の中には盗難に遭ったものもあり、対応が必要だ」と指摘する。
放置自転車について佐藤課長補佐は「数カ月に一度、20～30台の自転車を撤去しているがいたちごっこになっている。盗難自転車の可能性もあり、手が付けられない状態だ」と話している。
また、旧離島桟橋周辺道路への駐車が常態化していることについて佐藤課長補佐は「港湾区域内の駐車車両を物理的に締め出すと路上に止める人がいる。交通の支障になり、危険な場合もあるので警察に取り締まりをお願いしている」という。
このため、八重山署地域課（船道安広課長）でも、駐車違反の取り締まりを行っているほか、夜間の取り締まりも実施しているという。