石垣島地方は23日、梅雨前線の影響で大気の状態が不安定となり同日正午すぎに竹富島東海上で竜巻が発生したほか、伊原間で午後２時50分までの１時間雨量が81・５㍉と５月の観測史上最大を記録。盛山（南ぬ島石垣空港）でも35㍉（午後３時48分）を観測するなど、各地で激しい雨が降った。
浜崎アリーナで竜巻を目撃した市民によると、午後0時20分ごろに真っ黒な積乱雲がいきなり海面に向かって落ちるように伸び、海水を巻き上げながら約５分間にわたって竜巻が起こったという。
竜巻の一部始終を見た譜久島武光さん（30）は「竜巻が発生しそうな天気だったので、海を見ながら弁当を食べていたら本当に現れた」と話した。
発生当時、小浜から石垣に向け、高速船１隻が運航していたが、幸い事故や運航に影響はなかった。
石垣島地方気象台は同日午後２時１分に竜巻注意報を発令。また、午後２時７分に大雨洪水警報を発表、午後５時57分に警報を解除した。