石垣島地方は梅雨入りした５日、明け方に猛烈な雨が降った。石垣島地方気象台によると、石垣市では50年に１度の記録的大雨となり、登野城で午前６時28分までの１時間に観測史上９番目に多い93・５㍉を観測した。この影響で市内では床上浸水や道路冠水、のり面崩壊などの被害が出た。竹富町大原では午前５時35分までの１時間に76・５㍉、石垣市盛山では同８時２分までに86・５㍉の雨が降った。
石垣市防災危機管理室などに入った報告によると、真喜良と大川で床下浸水が２軒、道路冠水が９カ所あった。前勢岳林道はのり面崩壊で通行ができなくなり、白保の農道や真喜良の市道でも路面が崩落した。
前勢岳林道は、石垣島天文台の駐車場から林道出口に向かって約１５０㍍の地点。同日午前８時30分から９時30分の間にのり面が崩壊、土砂が幅４㍍の道路をふさぎ、通行できない状態となっている。
同駐車場から天文台に向かう坂道でも道路片側を土砂が覆っており、八重山警察署などが通行止めの措置をとっている。
白保の轟川上流の牧那真橋付近の農道では30㍍から40㍍にわたってアスファルトがはがれ、近くの畑に流れ込んだ。真喜良小学校東通りの山側の市道もアスファルトがはがれ、路面も一部陥没した。
竹富町や与那国町では、大きな被害は報告されていない。
梅雨入りした５日から６日午後７時までの各地の総雨量は多い順に▽盛山（南ぬ島石垣空港）２４３㍉▽登野城２０４㍉▽大原１８１・５㍉▽伊原間１４１・５㍉▽川平１２２・５㍉▽波照間51・０㍉▽西表40・５㍉▽与那国30㍉。