震度６強の地震に備えて耐震化された公立小中学校や幼稚園の校舎や園舎、体育館などの割合を調べた文部科学省の調査（４月１日時点）で、石垣市の公立小中学校１２１棟のうち６棟（耐震化率95％）、公立幼稚園15棟のうち２棟（同86.7％）、与那国町の公立小中学校34棟のうち１棟（97.1％）で耐震性がないことが30日、分かった。竹富町は幼小中とも耐震化率１００％だった。
石垣市教育委員会によると、公立小中は崎枝小中学校の１棟、平久保小学校の特別教室棟と体育館、石垣小学校校舎、新川小学校の１棟、石垣中学校の１棟の計６棟。
このうち崎枝小中の１棟は本年度、耐震診断を行い、平久保小の特別教室棟も診断を予定している。体育館は診断して補強するか、建て替えるかを検討する。
石垣小校舎と石垣中の１棟は建て替えを計画しており、石垣小は２０１９年に設計、20年に着工を予定。新川小の１棟は使用を停止する考え。
幼稚園は、みやとりとやえやまの２園で、みやとりは石垣小の建て替えに合わせて校内に組み込むなど、集約の方向で検討を進めている。やえやまは20年度以降は使用を停止し、その後の活用については未定。
与那国町は比川小の１棟のみで、本年度中の完成、来年４月の供用開始を目指している。