離島からヘリコプターでの急患輸送時、離着陸帯として使用されている石垣市消防本部横のヘリポート付近に、市役所新庁舎の駐車場整備が計画されていることで「ヘリが降りられない可能性がある」と懸念されている。同ヘリポートに着陸できない場合、新石垣空港に降りて患者を救急車へ引き継ぎ市街地の病院に搬送するため、タイムロスが生じる。市は、現ヘリポートの周りに公用車・職員専用駐車場の整備を計画しているが、こうした事態を受け、現ヘリポートの移設などを含め検討を進めている。
市によると、新庁舎建設計画で同駐車場約６４８０平方㍍の整備を計画。この敷地内に現ヘリポート７２９平方㍍も含まれている。新庁舎建設室の担当者は「駐車場整備は航空法で問題ない」としている。
八重山圏域と多良間島から現へリポートに急患輸送を行う第11管区海上保安本部石垣航空基地は、ヘリのプロペラ回転時に発生する「吹き下ろしの強い風（ダウンウォッシュ）」が車やバイク、通行人に危険を及ぼすことを懸念。安全性を優先し、「操縦士の判断で航空基地のヘリポートへの着陸もありえる」と事項を市側に伝えている。
同基地によると、現ヘリポートを使用した急患輸送は、ここ数年、年間平均50～60件あるという。
市は、同駐車場敷地内への現ヘリポートの移設案を検討しているが、駐車場自体の整備は進める方向で動いている。