石垣—那覇間で２０１３年７月から低価格運賃を設定している主要３航空会社のうち、スカイマーク（ＳＫＹ）の搭乗率が低迷していることが、各社の運航実績で分かった。同年７月から今年２月までの搭乗率はＳＫＹが42.14％、日本トランスオーシャン航空（ＪＴＡ）が62.02％、全日空（ＡＮＡ）が65.23％となっており、スカイの苦戦ぶりがうかがえる。
スカイは13年７月10日から石垣—那覇で１日４往復８便を運航。当日購入可能な普通運賃で５０００円（現５１００円）、事前予約チケットで３９００円（21日前）というこれまでにない価格を設定した。ＪＴＡ、ＡＮＡが事前購入チケットを４０００円台まで下げて対抗したため、スカイは３月から自宅や勤務先に航空券を届けるサービスを開始するなど差別化に努めている。
月別搭乗率でＳＫＹは、トップシーズンの昨年８月までは50—60％台を維持したが、９月から50％を割り込み、12月には29.10％にまで下がった。団体客にシフトする冬場の落ち込みが大きく、同社は「今年から団体旅行の営業を積極的に行っており、修学旅行や社員旅行などの需要を開拓する」（西久保慎一代表取締役社長）としている。
ＪＴＡ、ＡＮＡは全月を通して一度も50％を下回ることはなく、ピーク時の８月にはＪＴＡが76.45％、ＡＮＡが77.83％だった。
一方、利用率の低迷で運休した後、２０１３年６月から再開されたＳＫＹの宮古—那覇路線は、今年２月まで56.97％とまずまずの数字を確保している。
宮古島市で観光関連業に携わる市民は「過去20何年間、運賃の引き下げを要望しても一向に改善されなかったが、スカイマークが参入して一気に下がり、市場原理を痛感した。スカイが撤退すれば、料金がまた上がるのは目に見えているので、市民もこの当たりは理解をしているのではないか」と話した。
那覇への出張などで50回以上、ＳＫＹを利用しているという石垣市内の会社役員の男性（38）は「スカイの参入が、全体の運賃引き下げの要因となっているので、応援したい気持ちから意識して乗るようにしている。運航時間も使い勝手がよい。乗り心地も接客サービスも全然問題はないと思う」と話した。