２０１３年の１年間に南ぬ島石垣空港で発着する飛行機を利用した乗降客数は、過去最高の２０６万９０２７人を記録したことが石垣空港管理事務所の速報値で分かった。これまでは06年の１９５万８３７４人が最高だったが、これを５・７％上回り、初めて２００万人の大台を突破した。
石垣空港と与那国空港を加えた13年の入域観光客数は同年11月で88万１９１人。石垣空港の12月の降客は７万４６２１人で、観光客が含まれる割合となる同月の混在率を乗じると、年間の入域観光客数が93万人を突破するのは確実な情勢となっている。
石垣空港では６月14日からピーチが関西、７月10日からスカイマークが那覇、神戸、成田、９月13日からピーチが那覇の路線でそれぞれ就航した。これにより低価格運賃が実現、利用しやすい環境ができた。
このほか３月７日の開港時には韓国からチャーター便が就航、台湾からも２社が夏場の期間に運航した。
13年の乗降客数は１月から前年を上回るペースで推移。３月は19万４２３９人（前年同月比25・７％増）と伸び、観光シーズンの８月は23万６５８４人（同52・３％増）、９月は21万２７６４人（同51・６％増）と大きく伸びた。
乗降客数の内訳は国内線２０５万３４０１人、国際線１万５６２６人。全体では前年から27・７％（44万８８６３人）増えた。
空港には１日当たり80便余の発着があり、着陸回数は１万３１１６回で、前年より２０５４回の増。
積んだり、降ろしたりした荷物は一般貨物で１万８０６１㌧（前年比２・４％増）、郵便物で４１４㌧（同６・１％増）となった。