台風25号が石垣島地方に接近した４日、空と海のダイヤは、欠航が出るなど大きく乱れた。海路は全便欠航。空路は石垣、与那国発着合わせて58便が欠航、４６８４人に影響した。南ぬ島石垣空港やユーグレナ石垣港離島ターミナルでは、観光客や住民らが予定変更を迫られた。暴風警報発令後は学校も休校となり、学校周辺は子どもを迎える保護者の車で混雑した。
日本トランスオーシャン航空（ＪＴＡ）では石垣ー那覇で14便、石垣ー羽田で４便、石垣ー関西で２便の計20便が欠航、１９２５人に影響。琉球エアーコミューター（ＲＡＣ）では石垣ー那覇で２便、石垣ー宮古で４便、那覇ー与那国で２便、石垣ー与那国で６便の計14便が欠航、２７４人の足に狂いが出た。
全日本空輸（ＡＮＡ）では石垣ー那覇で15便、石垣ー羽田で３便、石垣ー関西で２便、石垣ー名古屋で２便、石垣ー福岡で２便の計24便の運航ができず、２４８５人が足止めされた。
石垣市と竹富町の離島を結ぶ海上交通は、全航路で終日運航ができなかった。
５日については、ＪＴＡが石垣ー那覇の２便、ＲＡＣが石垣ー与那国の４便、与那国ー那覇の１便、宮古ー石垣の１便（同）、ＡＮＡが石垣ー那覇の２便の欠航を決めている。
海路は、波照間と西上原、鳩間で全便、大原と小浜、黒島は最終便を除く全便で欠航。最終便に関しては当日の天候確認後、午後３時40分ごろに運航の可否を決定する予定。竹富は午後４時30分の石垣発までの便が欠航。午後５時以降の運航については午後３時40分ごろに決定する。
京都府から２泊３日の日程で初めて来島し、この日帰る予定だったという30代男性は、空港で振り替えの手続きを余儀なくされたが、「５日の関西国際空港への直行便に振り替えになった。台風に当たってしまったが、沖縄の海に入るという目的が達成できたのでよかった。初めてサンゴ礁の海に入って感動的だった。今度来た時は竹富島などにも行ってみたい」と満足した様子で話した。