石垣市下水道課（小濵廉彦課長）が８月末時点でまとめた、市内の下水道接続率（世帯数ベース）は、石垣処理区が58・12％（前年比２・85％増）と約６割に達しているのに対し、農業集落処理地区（大浜・磯辺、宮良・白保）は28・94％（同３・32％増）と、依然低い状況が続いている。同課は「きれいな海や川を守り、公衆衛生を向上させるためにも接続してほしい」として、下水道接続促進事業補助金制度や無利息の貸与制度の活用を呼び掛けている。
八重山保健所によると、2018年３月現在、管内で、トイレの排水しか処理できない単独処理浄化槽を設置している建物は4476件（前年比49件減）で、全設置浄化槽9084件の約半数。単独処理浄化槽は、洗濯や台所から出る生活排水を処理できずそのまま側溝に放流し、海に流れ出るため、水質汚濁や衛生環境悪化の原因となる。
農業集落処理地区内で最も接続率が低いのは磯辺地区で、１・94％。18・76％の大浜地区と合わせ、市は重点的に接続工事を推奨する考え。宮良地区は46％、白保地区は37・43％。特定環境保全公共下水道の川平地区は69・96％だった。
接続工事にかかる各家庭の負担額が約30万円前後と安くないことが、接続率低迷の要因となっている。
下水道接続促進事業補助金制度は、合併浄化槽を設置する建物は最大５万円、単独浄化槽または、くみ取り式便所を設置している建物は最大10万円の補助が受けられる。制度期間は2020年３月まで。最大30万円の無利息の貸与制度などもある。